iTextはJavaアプリケーションからPDFを自動作成するためのオープンソースのAPIライブラリです。 Acrobatをプログラムから呼び出せるイメージです。 作成のみでPDFの内容の読み込みや変更はできません。
iTextを使うとPDFのほかRTFやHTMLも作成できます。 JavaだけでなくC#版のライブラリもあります。 単体のプログラムからファイルに書き出すことも、ファイルを経由せずServletから直接Webブラウザに送信することもできます。
公式サイト → http://www.lowagie.com/iText/
「手書きPDF入門」は筆者が10年近く前に作成したPDFの内部形式に関する解説資料です。PDF 1.2/1.3(Acrobat 3/4)について書いたものですが、基本的な話なので最新バージョンにもあてはまります。